生物法分為：好氧處理和厭氧處理。

好氧處理

好氧處理是依靠好氧菌在有氧的條件下，進行處理的方法，從菌膠團的形式可以分為活性污泥法和生物膜法。近年來隨著自控技術的發展，好氧處理法被廣泛應用，通過程序自動控制進水，曝氣，沉降，排水和閑置等步驟，具有投資少、處理效率高、能耗低等優點。

厭氧處理

厭氧處理是依靠厭氧菌，在無氧狀態下使污水中的有機污染物消化、分解的方法，適合于處理高濃度有機廢水，具有能耗低、可回收生物氣作能源、無機營養料需要量少、處理費用低、剩余污泥少等特點，根據目前的發展趨勢，厭氧法有望代替需氧法，并且可以達到生物、化學方法難以達到的效果，正被人們逐漸重視。